优秀研究生学位论文题录展示

关于多序列比对和系统发育分析中的序列空位研究

专 业: 昆虫学
关键词: 空位 多序列比对 系统发育分析 插入/缺失
分类号: Q961  Q523.8
形 态: 共 59 页 约 38,645 个字 约 1.849 M内容
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内容摘要


近年来,昆虫系统发育研究越来越多地用到分子生物学数据,形成了分子系统学研究的崭新领域。

而多序列比对是分子系统学的基础,分子序列通过插入空位进行比对。

为了获得有意义的比对结果,人们广泛采用仿射空位罚分策略来限制插入的空位的数目。

在这个策略中罚分是任意指定的。

以前的研究表明不同的空位罚分可能导致不同的比对结果。

本文给出统计学的证据证明空位的确对多序列比对有显著性影响,并且描述了空位的其他一些特征。

我们从GenBank上下载了38个数据矩阵,并将其分为rDNA、外显子DNA、外显子氨基酸和ITS四种矩阵类型。

使用ClustalX进行序列比对,每一次比对都调整罚分参数。

对比对结果的统计分析表明,起始空位罚分和延伸空位罚分都显著地影响空位的百分含量。

多重比较显示,起始空位罚分q为4、延伸空位罚分r为1可以代表插入较多空位的比对情况,而q=15、r=8可以代表插入空位较少的比对情况。

此外,不同数据矩阵类型插入的空位的百分含量也显著不同。

空位百分含量对罚分参数的曲线可大体分为波浪形曲线、水平直线和递降曲线。

不同的矩阵类型趋向于不同的曲线类型。

同时证明,外显子氨基酸矩阵比其相应的DNA矩阵更加保守。

虽然..……

全文目录


第一章 绪论
1.1 空位简介
1.2 在多序列比对中空位的研究进展
1.3 在系统发育分析中空位的研究进展
第二章 多序列比对中空位的统计分析
2.1 材料与方法
2.2 结果与讨论
第三章 空位对系统发育分析的影响研究一——最大简约法1
3.1 材料与方法
3.2 结果与讨论
第四章 空位对系统发育分析的影响研究二——最大简约法2
4.1 材料与方法
4.2 结果与讨论
第五章 空位对系统发育分析的影响研究三——贝叶斯法
5.1 材料与方法
5.2 结果与讨论
第六章 结论与展望
6.1 本研究的主要结论
6.2 本研究的创新点
6.3 尚待解决的问题
参考文献
附录

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中图分类: > Q961 > 生物科学 > 昆虫学 > 昆虫演化与发展
其他分类: > Q523.8 > 生物科学 > 生物化学 > 核酸 > 脱氧核糖核酸(dna)

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