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全基因组预测Phenylobacterium zucineum HLK1~T的外排蛋白

专 业: 肿瘤学
关键词: 基因组 测序 Glimmer 功能注释 翻译 COG
分类号: R73
形 态: 共 49 页 约 32,095 个字 约 1.535 M内容
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内容摘要


Phenylobacterium zucineum是一种我们在人红白血病细胞株K562中发现的兼性胞内寄生菌,我们把首次发现的这一菌株命名为HLK1~T。

由于该菌寄生在肿瘤细胞内,而目前大多数胞内寄生菌都是病原体,因此该菌很可能和致病性有关;由于该菌是兼性胞内寄生菌,所以在胞内和胞外的细菌生存形态不同,研究其侵入人宿主细胞的机制有着重要意义;由于本组的生物学实验研究表明,该菌的侵入方式为“拉链”方式,即通过表达一些表面蛋白,包括膜蛋白和分泌蛋白即外排蛋白,与真核细胞表面受体相互作用,该受体-配体的结合引起宿主细胞骨架发生重排、细胞膜延伸并包裹该菌,形成吞噬泡并侵入细胞。

所以寻找其表达的蛋白及受体-配体相互作用机制是研究中的一个重点。

通过全基因组测序、基因注释、蛋白翻译以及搜索蛋白的N-端信号肽,跨膜α-螺旋等外排信号来预测其外排蛋白是一个很好的根本方法,它可以促进潜在生物学意义的发掘。

细菌基因组的全基因组测序目前已经是相当成熟的技术了,截至2006年5月,NCBI上公布的完成全基因组测序的细菌已达343种。

细菌基因组测序带来的意义和应用相当广阔,从最基本的来说它可以帮助我们鉴定相关的基..……

全文目录


摘要
前言
材料和方法
1.材料
2.方法
结果与讨论
1. 测序结果
2. 基因组一般特征
3. 新基因ctrZ
4. 蛋白分析
5. COG分类
6. 蛋白翻译
7. 外排蛋白的预测
8. 外排蛋白的分类
总结
参考文献
文献综述
参考文献

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中图分类: > R73 > 医药、卫生 > 肿瘤学

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